Sejarah Singkat

Berdasarkan Peraturan Daerah (PERDA) Provinsi Kepulauan Riau No. 1 Tahun 2007 tanggal 20 Maret 2007 tentang Anggaran Pendapatan Belanja Daerah (APBD) tahun 2007 (Lembaran Daerah Provinsi Tahun 2007 N0. 1 Seri A) dan Peraturan Gubernur Kepulauan Riau No. 04 Tahun 2007 tanggal 20 Maret 2007 tentang Penjabaran APBD tahun 2007 (Berita Daerah Provinsi Kepulauan Riau tahun 2007 No. 04 Seri A) serta dipertegas SK Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Kepulauan Riau Nomor: 125  tanggal 19 Juni 2007 Tentang Pembentukan TIM Pengelola Madrasah Aliyah Unit Sekolah Baru (USB) Karimun.

Berkat hasil sinerji antara Kementerian Agama Kab. Karimun dengan  Pemerintah Daerah Kab. Karimun maka terwujudlah Areal Tanah Tempat Pendirian Gedung Madrasah Aliyah USB Kab. Karimun seluas ± 2 Hektar terletak dilokasi Komplek Pendidikan Kab. Karimun.

Pada Tahun Ajaran 2008/2009 Proses Belajar mengajar siswa/i MA USB Karimun telah menggunakan Gedung MAN Karimun yang baru sampai dengan sekarang.

Batas wilayah

• Utara :  PDAM Karimun
• Selatan :  SMPN 2 Tebing
• Barat :  SMAN 4 Karimun
• Timur :  Hutan Lindung

Tahun 2018 MA USB Karimun  berubah nama menjadi MADRASAH ALIYAH NEGERI KARIMUN berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 535 Tahun 2018, Tentang Penegerian 48 (empat puluh delapan) Madrasah.